पौराणिक कथा का अनुसार ,प्रत्येक दिन बद्री र केदार नाथ को दर्शन नगरी अन्न ग्रहण नगर्ने धर्मात्मा राजा सुर्यकेतु शिवपुरी नगरमा राज्य गर्दथे। उनमा बिस्तारै प्रवेश गरेको बुढ्यौली पन र आफूले गर्ने आस्थाका कारण हरदिन को दर्शन सम्भव नभए पछि भगवान सँग आफ्नै नगरमा आएर आफूलाई दर्शन दिनुपर्ने माग गरेका रहेछन।आफ्नो अनन्य भक्त को वचन हार्न नसकेर, संकल्प सिद्ध विश्व कर्मा लाई बोलाई बद्री र केदार नाथ ले आफूहरुको संयुक्त रूप को निर्माण गर्न लगाई बलशाली भीमसेन द्वारा बोकिएर भक्तलाई दर्शन दिन आउनु भएको रहेछ तर अत्यन्तै कलात्मक, भब्य, सुन्दर र अलौकिक मूर्ति देखेपछि भगवानले आफूलाई छल गरेको हो कि भन्ने शंका ले वादविवाद गर्न लाग्दा रौद्र स्वरूप शंकर जी लाई क्रोध आई हाम्रो स्वरूप मा विश्वास लाग्दैन भने तिमी र तिम्रो परिवारले हाम्रो दर्शन नगर्नु भनी श्राप दिए पछि राज परिवारले उक्त मूर्ति को दर्शन नगर्ने चलन चलेको रहेछ।
पछी महा प्रलय पश्चात द्वापर युगको अन्त्य सँगै जमीनमुनि पुरिन गएको सो मन्दिर, जलमग्न भएको काठमाडौं उपत्यकाको पानी गोपाल वंशी श्री कृष्ण ले सुदर्शन चक्र द्वारा चोभारको डाँडो काटी निष्कासन गरे पछि धान चुट्ने खलो को रूपमा विकसित भएको रहेछ।अनि उक्त ठाउँमा जति धान चुटे पनि बाला नरित्तिने अनि धान डबल हुने जस्ता चमत्कार देखिए पछि, भगवान को प्रेरणाले नै जमीन मालिकलाई खनेर हेर्न मन् लागेछ र खन्दै जाँदा शयन अवस्थामा रहनु भएका भगवानको गोडामा चोट लाग्न गई रगत बग्न पनि थालेछ। तब यो के अनर्थ भयो ?भनी चिन्तित बनेका किसानलाई,बद्री र केदारनाथ को संयुक्त रूप हरीहरले आफूलाई बाहिर आउन मन् लागेकोले नै खन्ने प्रेरणा दिएको ले चिन्ता नगर्न र वृद्ध किसानको नामबाट नै आफूलाई विश्वमा प्रख्यात गराउन अनि आफ्नो पूजा विधिहरू समेत बताई सेवा गर्न अह्राउनु भएको रहेछ।
यसरी बुढानिलकण्ठ नाम भएका ती वृद्ध किसानले आफूले भगवानबाट पाएको संकेत अनुसार खनेर हेर्दा हालको विशाल शालिग्राम शिलास्थित शेष शैयामा शयन गरिरहेका, हातमा शंख,चक्र, गदा र भष्म को गोला लिएका मनमोहक मूर्ति श _शरिर प्रकट भए पश्चात भगवान कै आज्ञा अनुसार १६ वर्ष भन्दा मुनिका बटुक हरु द्वारा षोडसोपचारले पूजा अर्चना गरी सेवा गर्न थालिएको रहेछ।
तर राजपरिवारले दर्शन गर्न नहुने भनिए पनि राजा प्रताप मल्लले, दर्शनको अभिलाशाले पटक पटक जाँदा पनि नागहरुले बाटो छेकी मन्दिर प्रवेश गर्न नदिएकाले बालाजुको बाइसधारामा त्यस्तै मूर्तिको स्थापना गरेका थिए।यसरी राज्यको प्रमुख व्यक्ति बाटै पनि गर्न नहुने भनिएको काममा बेवास्ता गरेको देखेपछि, पृथ्वी मा कलियुगको प्रारम्भ सँगै मानिसहरूमा धर्म प्रति विश्वास कम हुने र कुकर्म तीर मन् जाने जस्ता प्रवृद्धिको चलखेल हुने देखेपछि भगवान हरिहर कलियुगका आस्थाहिन व्यक्ति हरुका लागि छायाँ दर्शनको चमत्कार छोडेर स्वधाम जानु भएको थियो।
आकाश तर्फ फर्केर शयन मुद्रामा रहेको उक्त मूर्तिको दर्शन पोखरीमा स्पष्ट हुनुले विज्ञानलाई नै चुनौती दिएको कुरा यस मन्दिर का मठाधिश निगमानन्द महाराज पनि बताउनु हुन्छ।
